scripts_for_layoutにjsを挿入

Cakephp2.0でも変わらずaddScriptでいける

<?php
 $script  = '<script type="text/javascript">';
 $script .= 'alert("hoge")';
 $script .= '</script>';
 $this->addScript($script);
?>

ただこれ使うとjsの管理が煩雑になるから共通ファイルに書くのが一番なんだろうな。